Gotizovaný, pôvodne románsky kostolík. Je jednou z najstarších architektonický pamiatok na Záhorí. Jej pôvod nie je doposiaľ podrobne prebádaný. Najstaršia písomná zmienka o kaplnke pochádza z roku 1554. Existenciu potvrdzuje aj známa Komenského mapa z r. 1627, na ktorej je obec Kopčany vyznačená ako stredne veľká obec s kostolom umiestneným v priestore „Hrúdov“. Kostol sa nachádza len necelý kilometer od Valov – sídla veľkomoravských kniežať v chotáry obce Mikulčice na moravskej strane. Typologicky patrí do skupiny malých jednoloďových kostolov s pravouhlým uzáverom lode, ktoré sa stavali v strednej a západnej Európe v 8. -11. storočí. Výsledky prieskumov a výskumov okolia kostola v rokoch 1994 – 2000 dokozujú jeho intenzívne osídlenie už od neskorej kamennej doby. Svoj vrchol dosiahlo v 9.-10. storočí, kedy sa pozdĺž predpokladanej historickej cesty z mikulčického sídliska Valy na východ sformovala na ľavom brehu rieky Moravy v katastri dnešných Kopčian skupina osád, ktorej organizačnú štruktúru dosiaľ nepoznáme. Funkčne súvisela s hradiskom Valy. Aj po zániku mikulčického hradiska pokračoval život v dvoch doteraz známych osadách v blízkosti kostolía sv. Margity Antiochijskej až do do 13. storočia, kedy sa tento priestor stáva pravdepodobne posledným obývaným miestom niekdajšej mikulčickej aglomerácie, ak neberieme do úvahy pozostatky stredovekého osídlenia okolo bývalého kostola IX na podhradí hradiska Valy. Doterajší výskum historickej topografie naznačuje, že poslední obyvatelia osady z okolia Kostola sv. Margity Antiochijskej odišli, pravdepodobne do dnešných Kopčian, v 16.-17. storočí. Kostol asi naďalej slúžil pre priľahlé územie až do 18. storočia, kedy postavili nový kostol priamo v obci.